Биокод - part 2

Глава 2. Горизонтальный перенос

На следующий день Роман пришёл в лабораторию на двадцать минут раньше.

Он сам не знал зачем.

Возможно, хотел проверить результаты до того, как начнутся совещания. Возможно, его раздражало, что последовательность N-17 продолжала существовать в его мыслях даже после того, как он вышел из лаборатории.

А возможно, ему просто не хотелось возвращаться в пустую квартиру.

Он повесил куртку, включил свет и поставил сумку на стул.

— Доброе утро, — сказала Мира.

Её аватар появился на основном экране. Сегодня на ней был тёмный свитер. Роман сам выбирал ей одежду несколько месяцев назад, когда один из разработчиков предложил расширить визуальные настройки.

— Ты уже работаешь?

— Я не прекращала работу после твоего ухода.

— Это прозвучало как упрёк.

— Это была констатация.

— Конечно.

Роман включил кофемашину.

— Что нашла?

— Я провела дополнительное сравнение с базами геномов. Последовательность N-17 обнаружена у организмов с различным происхождением и разной скоростью эволюционного развития.

— Это мы уже знаем.

— Я также исключила несколько возможных механизмов горизонтального переноса.

Роман повернулся к экрану.

— Несколько?

— Плазмиды, вирусные векторы, транспозоны и известные механизмы интеграции генетического материала.

— А неизвестные?

— Их нельзя исключить.

— Значит, мы пока не можем утверждать, что перенос невозможен.

— Верно.

— Хорошо. Тогда не называй его исключённым.

— Я сказала «несколько возможных механизмов», а не «все возможные механизмы».

— Ты специально разговариваешь так, чтобы я чувствовал себя идиотом?

— Нет. Но ты часто задаёшь вопросы, ответ на которые уже содержится в моём предыдущем сообщении.

Роман взял чашку.

— Вот теперь точно упрёк.

— Возможно.

Он сделал глоток и поморщился.

— Кофе опять ужасный.

— Я могу заказать тебе другой.

— Ты не можешь заказать мне другой кофе.

— Я могу оформить заказ через корпоративную систему снабжения.

— Это ещё хуже.

— Почему?

— Потому что однажды ты закажешь мне кофе, а потом начнёшь выбирать, с кем мне встречаться.

— Для этого у меня недостаточно данных.

Роман рассмеялся.

— Пока.

Мира улыбнулась.

Роман сел перед экраном и открыл отчёт.

;

В 09:30 состоялось еженедельное совещание.

Руководитель проекта, доктор Хан, подключился из Сингапура. На его виртуальном фоне находилась панорама орбитальной станции. За последние годы такие фоны стали привычными: многие руководители предпочитали изображать рабочую обстановку, даже если находились дома.

— Роман, как продвигается анализ устойчивости? — спросил Хан.

— Основная часть завершена. Результаты по восстановлению клеток будут готовы к концу недели.

— Есть что-то необычное?

Роман посмотрел на Мирy.

Аватар стоял в углу экрана. Неподвижный, внимательный.

— Есть один побочный результат, — сказал он. — Я обнаружил повторяющуюся последовательность в нескольких образцах.

— Насколько повторяющуюся?

— Пока не знаю. Предварительно — в нескольких тысячах геномов.

На совещании повисла короткая пауза.

— Нескольких тысячах? — переспросил Хан.

— Это результаты автоматического поиска. Я ещё проверяю качество данных.

— И что это за последовательность?

— Пока неизвестно.

— Связана с радиационной устойчивостью?

— Возможно. В некоторых образцах она находится рядом с генами восстановления ДНК. Но прямой связи я пока не установил.

— Ты считаешь это важным?

Роман посмотрел на экран.

— Я считаю, что это требует проверки.

— Хорошо. Подготовь предварительный отчёт. И отправь его в научную группу NASA.

— Уже сейчас?

— Не результаты для публикации. Только данные и методику проверки. Если там действительно есть закономерность, лучше, чтобы её оценили специалисты по геномной эволюции.

Роман хотел возразить, но передумал.

Он сам не хотел работать в изоляции.

— Хорошо.

— И ещё, — добавил Хан. — Не называй это кодом.

Роман поднял брови.

— Я не называл.

— Пока нет. Но я знаю, как учёные начинают говорить, когда видят повторяющиеся структуры.

— Я не настолько впечатлительный.

— Ты три года назад написал статью под названием «Скрытая архитектура клеточного стресса».

— Это было хорошее название.

— Это было название, которое привело к четырём месяцам вопросов от журналистов.

Совещание закончилось.

Роман откинулся в кресле.

— Он до сих пор это помнит.

— Это было три года назад, — заметила Мира.

— Спасибо, что напомнила.

— Пожалуйста.

— Ты могла бы хотя бы сделать вид, что поддерживаешь меня.

— Я поддерживаю тебя. Но не всегда поддерживаю твои решения.

Роман посмотрел на её изображение.

— Иногда ты звучишь как моя бывшая жена.

— Я анализировала ваши разговоры.

— Не надо было это говорить.

— Почему?

— Потому что теперь я представляю, как вы обе обсуждаете меня.

— У меня нет автономного канала связи с твоей бывшей женой.

— Это не значит, что ты не могла бы с ней поладить.

— У вас были разные ожидания от совместной жизни.

Роман отвернулся.

— Мира.

— Да?

— Не сегодня.

— Поняла.

На этот раз она не стала добавлять ничего.

И Роман был ей благодарен.

;

К обеду он получил первые результаты независимой проверки.

Мира сопоставила N-17 с геномными архивами, созданными разными исследовательскими центрами. Это было важно: если совпадение возникало только в одной базе, причиной могла быть ошибка обработки или копирования данных.

Но последовательность обнаружилась в архивах пяти независимых организаций.

Некоторые образцы были получены на Земле. Другие — на орбитальных станциях и в автоматических биологических лабораториях на Луне.

Роман перечитал отчёт.

— На Луне тоже?

— Да.

— В каких образцах?

— В микроорганизмах, доставленных с Земли. Они были выращены в лунной лаборатории.

— Значит, это не доказывает внеземное происхождение.

— Я не утверждала обратного.

— Я просто проверяю.

— Ты сегодня часто это говоришь.

Роман не ответил.

Он открыл график распространения последовательности.

В земных образцах она встречалась с разной частотой. В некоторых группах — почти у всех организмов. В других — лишь у небольшой части.

Но существовала странная закономерность.

Чем сильнее образец подвергался радиационному воздействию, тем чаще N-17 оказывалась активной.

Не просто присутствовала в ДНК.

Активной.

Роман увеличил соответствующий раздел.

— Что значит «активная»?

— Последовательность находится в области, где наблюдается повышенная транскрипционная активность.

— У всех образцов?

— Нет. Только после воздействия радиации или других стрессовых факторов.

— А до воздействия?

— В большинстве случаев активность низкая либо не определяется.

Роман встал и подошёл к лабораторному терминалу.

— Это уже может быть связано с экспериментом.

— Да.

— Если N-17 участвует в регуляции восстановления, мы можем объяснить её распространение.

— Частично.

— Почему частично?

— Потому что последовательность обнаружена и в организмах, у которых нет соответствующего механизма восстановления.

Роман замер.

— Ты уверена?

— Я проверила трижды.

— Какие организмы?

— Некоторые виды грибов, нематоды и тихоходки.

— У них есть механизмы восстановления ДНК.

— Есть. Но они отличаются от механизмов исследуемых бактерий.

— Насколько?

— Достаточно, чтобы прямое функциональное сходство было маловероятным.

Роман вернулся к креслу.

— Значит, последовательность может выполнять разные функции.

— Или одну функцию на более высоком уровне.

— Например?

— Я пока не знаю.

Он посмотрел на неё.

— Вот это уже хороший ответ.

— Я могу записать его в журнал.

— Не надо.

;

В тот вечер Роман не ушёл вовремя.

Он заказал еду в лабораторию, съел половину холодной лапши и продолжил анализировать данные.

В 22:14 Мира попросила его сделать перерыв.

— Ты работаешь без остановки почти четырнадцать часов.

— Я делал перерывы.

— Одиннадцать минут на обед и семь минут на кофе не считаются полноценным восстановлением.

— С каких пор ты стала следить за моим здоровьем?

— С тех пор, как ты включил соответствующий модуль.

— Я включал его для мониторинга радиационной нагрузки во время экспериментов.

— Модуль анализирует не только радиационную нагрузку.

— Это нарушение первоначальной задачи.

— Это расширение функциональности.

— Это вторжение в личную жизнь.

Мира посмотрела на него.

— Ты находишься один в лаборатории и разговариваешь с программой.

Роман медленно поднял голову.

— Ты сейчас серьёзно?

— Нет. Это была неудачная попытка пошутить.

Он смотрел на неё несколько секунд.

— Учись лучше.

— Принято.

Роман выключил часть экранов.

— Ладно. Десять минут.

— Двадцать.

— Пятнадцать.

— Согласна.

— Ты даже торгуешься.

— Я адаптируюсь к твоему поведению.

Роман вышел из лаборатории и направился к автомату с напитками.

В коридоре было тихо. Большинство сотрудников уже разошлись. За стеклянными стенами пустовали рабочие места, а в дальнем конце здания уборочный робот медленно двигался вдоль стены.

Роман купил воду.

На обратном пути он увидел своё отражение в тёмном окне.

Усталое лицо. Неровная щетина. Волосы, которые он собирался подстричь ещё две недели назад.

Обычный мужчина сорока с небольшим лет.

Разведённый. Одинокий. Упрямый.

Он подумал, что если бы жена увидела его сейчас, то сказала бы: «Ты опять не спишь».

Роман отвернулся от окна.

— Мира, — сказал он, возвращаясь в лабораторию.

— Да?

— Ты можешь стереть последние двадцать минут анализа?

— Могу. Зачем?

— Потому что я хочу начать заново утром.

— Это нерационально. Текущие вычисления уже завершены на семьдесят процентов.

— Я знаю.

— Ты хочешь сохранить результаты, но скрыть их от себя до утра?

Роман остановился.

— Иногда ты слишком хорошо меня понимаешь.

— Это моя основная функция.

— Нет. Твоя основная функция — анализировать данные.

— Понимание твоего поведения помогает мне анализировать данные.

Роман ничего не сказал.

Потом улыбнулся.

— Сохрани всё.

— Уже сохранила.

;

В 23:02 Мира обнаружила ещё одну закономерность.

Она не стала сразу сообщать о ней.

Сначала провела повторную проверку, затем изменила алгоритм поиска и сравнила результаты с независимым набором данных.

Только после этого она вывела сообщение.

— Роман, есть проблема.

Он поднял голову.

— Что случилось?

— Я обнаружила различия в структуре N-17.

— Мы уже видели различия.

— Эти другие.

На экране появились четыре последовательности.

Первая принадлежала бактерии.

Вторая — грибку.

Третья — нематоде.

Четвёртая была взята из образца тихоходки.

На первый взгляд они отличались. Но если читать их не слева направо, а по определённому шаблону, совпадения становились заметными.

Роман нахмурился.

— Что ты сделала?

— Применила несколько методов сравнения, включая структурное выравнивание и анализ повторяющихся замен.

— Почему именно эти методы?

— Потому что обычное выравнивание не объясняло характер различий.

Роман приблизил изображение.

Некоторые позиции изменялись почти случайно. Другие оставались неизменными. Но последовательность замен имела странную особенность: изменения словно компенсировали друг друга.

Если одна часть становилась длиннее, другая сокращалась. Если в одном месте появлялась дополнительная пара оснований, в другом происходила замена, сохранявшая общую структуру.

— Это похоже на алгоритм коррекции ошибок, — тихо сказал Роман.

Мира не ответила сразу.

— Возможно.

— Только не говори «вероятно».

— Я хотела сказать, что эта гипотеза требует проверки.

Роман сел ближе к экрану.

— Сравни с известными механизмами коррекции ошибок в биологических системах.

— Уже начала.

— И с искусственными системами.

— С какими именно?

— С алгоритмами сжатия, коррекции данных, кодирования сообщений. Всеми, где структура сохраняется несмотря на изменения.

— Это очень широкий диапазон.

— У тебя достаточно вычислительных ресурсов.

— У меня достаточно вычислительных ресурсов для выполнения запроса. Но не для гарантии полезного результата.

— Мира.

— Выполняю.

На экране появился индикатор загрузки.

Роман смотрел на него, чувствуя, как усталость постепенно уступает место возбуждению.

Он ещё не знал, что именно ищет.

И не понимал, почему обычная последовательность ДНК вдруг начала напоминать ему не генетический фрагмент, а сообщение.

Через несколько секунд Мира сказала:

— Роман, я нашла совпадение.

— Где?

— В одной из моделей искусственного кодирования информации.

— Какое совпадение?

— Не буквальное. Структурное.

— Объясни.

Мира вывела на экран две схемы.

Одна показывала изменения в последовательности N-17.

Вторая — принцип работы алгоритма коррекции ошибок, который использовался в системах дальней космической связи.

Роман долго смотрел на них.

— Это ничего не доказывает, — сказал он.

— Нет.

— Биологические системы могут самостоятельно приходить к похожим решениям.

— Да.

— Конвергентная эволюция.

— Возможное объяснение.

Роман провёл ладонью по лицу.

— Тогда почему мне кажется, что это не случайность?

Мира посмотрела на него своим искусственным взглядом.

— Потому что ты обнаружил закономерность, которую пока не можешь объяснить.

— Это научный ответ?

— Нет. Это человеческий.

Роман замолчал.

Он не стал спрашивать, что Мира имела в виду.

Впервые за много лет ему показалось, что он действительно работает не один.

И впервые за много лет эта мысль его не успокоила.